Christian Merlhiot est né en 1963 à Niort. Il a suivi des études à l’École nationale des beaux-arts de Bourges de 1981 à 1987. En 1995, il est pensionnaire à la Villa Médicis à Rome où il réalise son premier long-métrage : Les Semeurs de peste, sorti en salle en 2003.
Christian Merlhiot a enseigné le cinéma et la vidéo dans plusieurs écoles d’art notamment à Angoulême, Nancy et Bourges. Il a été responsable du Pavillon Neuflize OBC, le laboratoire de création du Palais de Tokyo à Paris. Il est l’un des membres fondateur de pointligneplan.
Érik Bullot a consacré à ses films un texte publié dans l’ouvrage collectif pointligneplan aux Éditions Léo Scheer (Fr-2002). Chez le même éditeur, un livre est consacré à l’ensemble de ses films, accompagné d’un texte de Fabien Danesi et d’une édition DVD de 3 courts-métrages (Fr-2003).
Son film Silenzio, tourné au Japon en 2004, est sorti en salle en 2006. Il a réalisé avec Matthieu Orléan un Atelier de création raphiophonique pour France Culture qui est ensuite devenu un film : Des Indes à la planète Mars sorti en salle en 2008. Son film intitulé, Le procès d’Oscar Wilde a été distribué au printemps 2010.
En 2011, il a séjourné pendant 6 mois à la Villa Kujoyama à Kyoto et rapporté de ce séjour au Japon un film intitulé Slow Life.
Son long métrage Je reviendrai comme un enfant est sorti en salle le 26 février 2014. Tourné à Igloolik (Nunavut, Canada) en 2009, il questionne la notion de genre à travers la transmission du Nom chez les Inuits. Ce film est accompagné d’un court métrage d’animation, Ningiuq (L’Aînée), réalisé d’après un entretien avec la doyenne d’Igloolik.
Christian Merlhiot vit actuellement au Japon. Il est directeur de la Villa Kujoyama.